个人所得税专项扣除申报流程如下：1、打开个税APP，并登录成功；2、进入首页，点击【我要办税】；3、点击专项扣除申报；4、选择年度和扣除项；5、填写本人信息，点击下一步，选择扣除年度，选择类型，填写好相关信息，点击下一步；6、选择申报方式，申报方式有选择综合所得年度自行申报，选择扣缴义务人申报。《中华人民共和国个人所得税法》第十条有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；（二）取得应税所得没有扣缴义务人；（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；（四）取得境外所得；（五）因移居境外注销中国户籍；（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；（七）国务院规定的其他情形。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。
个税专项扣除的申报方式包括单位申报和个人自行申报：（1）由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，可以由单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。（2）自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。【法律依据】《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第二条本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。《中华人民共和国个人所得税法》第十一条居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。
个税专项扣除申报方法具体如下：1、登陆个税APP，填报“子女教育”前，需准备子女教育信息，子女、配偶身份证号码，填写完毕后需要设置扣除比例；2、填报“住房租金”前，需准备好住房租赁信息、工作城市信息等；3、填报“住房贷款利息”前，需准备好产权证明，贷款合同等信息；4、填报“赡养老人”前，需准备被赡养人信息如身份证信息，共同赡养人信息（独生子女无需填写）；非独生子女还需填写分摊方式。《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十三条个人所得税法第六条第一款第一项所称依法确定的其他扣除，包括个人缴付符合国家规定的企业年金、职业年金，个人购买符合国家规定的商业健康保险、税收递延型商业养老保险的支出，以及国务院规定可以扣除的其他项目。专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除，以居民个人一个纳税年度的应纳税所得额为限额；一个纳税年度扣除不完的，不结转以后年度扣除。第十五条个人所得税法第六条第一款第三项所称成本、费用，是指生产、经营活动中发生的各项直接支出和分配计入成本的间接费用以及销售费用、管理费用、财务费用；所称损失，是指生产、经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。从事生产、经营活动，未提供完整、准确的纳税资料，不能正确计算应纳税所得额的，由主管税务机关核定应纳税所得额或者应纳税额。
