也不算矛盾，这里税前扣除标准从小，而且企业并不一定都是全资公司，举个例子：C公司注册资本2000万，A公司投资25%即500万,C向A借款，两个算出都是1000万了
企业所得税扣除项目包括以下几个：（1）企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12％以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。①公益性捐赠是指企业通过公益性社会团体或者县级以上人民政府及其部门，用于《中华人民共和国公益事业捐赠法》规定的公益事业的捐赠。②公益性社会团体是指同时符合下列条件的基金会、慈善组织等社会团体：·依法登记，具有法人资格；·以发展公益事业为宗旨，并且不以盈利为目的；·全部资产及其增值为该法人所有；·收益和营运结余主要用于符合该法人设立目的的事业；·终止后的剩余财产不归属任何个人或者盈利组织；·不经营与其设立目的无关的业务；·有健全的财务会计制度；·捐赠者不以任何形式参与社会团体财产的分配；·国务院财政、税务主管部门会同国务院民政部门等登记管理部门规定的其他条件。③年度利润总额是指企业依照国家统一会计制度的规定计算的年度会计利润。（2）企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。①有关的支出是指与取得收入直接相关的支出。②合理的支出是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。③企业发生的支出应当区分收益性支出和资本性支出。收益性支出在发生当期直接扣除；资本性支出应当分期扣除或者计入有关资产成本，不得在发生当期直接扣除。④企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。⑤除《企业所得税法》及其《实施条例》另有规定外，企业实际发生的成本、费用、税金、损失和其他支出，不得重复扣除。⑥成本是指企业在生产经营活动中发生的销售成本、销货成本、业务支出以及其他耗费。⑦费用是指企业在生产经营活动中发生的销售费用、管理费用和财务费用，已经计入成本的有关费用除外。⑧税金是指企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。⑨损失是指企业在生产经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，呆账损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。企业发生的损失，在减除责任人赔偿和保险赔款后的余额后，依照国务院财政、税务主管部门的规定扣除。企业已经作为损失处理的资产，在以后纳税年度又全部收回或者部分收回时，应当计入当期收入。⑩其他支出是指除成本、费用、税金、损失外，企业在生产经营活动中发生的与生产经营活动有关的、合理的支出。（3）准予扣除项目。①企业发生的合理的工资、薪金支出，准予扣除。工资、薪金是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。
1、税法优先原则：在计算应纳税所得额时，企业财务、会计处理办法与税收法律法规的规定不一致的，应当依照税收法律法规的规定计算。（铂略注：《企业所得税法》第二十一条规定）
例如，职工福利费的范围，在财务部和国税函都有相关的规定且不一致，而国家税务总局在税务答疑时就明确了，在所得税上按照国税函的文件处理；在会计处理上按照财政部财通的文件。如果不一致，就按照税法的标准。
2、税法协调原则：对企业依据财务会计制度规定，并实际在财务会计处理上已确认的支出，凡没有超过《企业所得税法》和有关税收法规规定的税前扣除范围和标准的，应按企业实际会计处理确认的支出，在企业所得税前扣除，计算其应纳税所得额。《国家税务总局公告2012年第15号》
3、税法空白原则：税收法律法规和国务院财政、税务主管部门未明确规定的具体扣除项目，在不违反税前扣除基本原则的前提下，按国家财务、会计规定计算。
例如，关于劳保支出，目前只是规定了具体的扣除明细范围，但是没有扣除标准，那么企业就可以按照国家财务、会计的规定计算。
4、会计调整业务的税前扣除要点
a、备案制：会计政策变更、会计估计变更、重大会计差错更正情形，应当将变更或更正的性质、内容和原因等在变更年度的所得税汇算清缴前报主管税务机关备案。
从目前减轻纳税人办事流程的政策方向上，应尽量减少备案，而采取增加企业信誉的制度。
b、合理性：企业的会计政策变更、会计估计变更应当具有合理的商业目的，且不以减少、免除、推迟缴纳税款为主要目的。对有证据表明企业滥用会计政策或会计估计造成减少、免除、推迟缴纳税款的，税务机关有权进行合理调整。
c、时效性：对企业以前年度实际在财务会计处理上已确认且已按规定在税前扣除的各项支出，因会计政策变更采用追溯调整法进行调整的，会计政策变更累积影响数中影响前期损益的各项支出调整金额，应直接调整变更当期应纳税所得额，不得追补确认在业务支出发生年度扣除。
d、可追性：对企业以前年度实际在财务会计处理上已确认且已按规定在税前扣除的各项支出，企业采用追溯重述法进行会计差错更正的，在有关税收政策规定的税前扣除范围和标准内，其更正金额允许追补调整业务支出发生年度的应纳税所得额，但追补调整期限应符合税收征管法的规定。
以前调整的应纳税额可以有追补的年限，按照现在的规定一般是五年以内，而在讨论稿中没有具体的规定，只是给了一个框架。
e、一致性：企业在年度资产负债表日至财务报告批准报出日之间发生的涉及税前扣除的调整事项（包括会计政策、估计变更和会计差错更正等），如发生于报告年度所得税汇算清缴之前，应调整报告年度的应纳税所得额；如发生于报告年度所得税汇算清缴之后，作为本年度的纳税调整事项，相应调整本年度应纳税所得额。
例如：在2013年所得税汇算清缴时补缴的税金，那么肯定是在2014年的2月到5月补缴，那么这个怎么入账？根据会计准则，如果前期的会计差错更正，如不具有重大的影响，可以记入当期，如果具有重大的影响，进行全年度损益调整，而这里和会计上的处理一致。
参考资料来源：百度百科-企业所得税税前扣除办法
不同的企业税前扣除限额的计算方式不一样，因为你首先要对企业进行划分，你两种计算方式是两个行业两个行业直接对比，本身政策就是不一样的，没有可比性。
