主要差别在于：手段不同，会计信息系统依靠计算机、网络等现代化计算手段，效率高，减轻人的负担。而手工会计则依靠人自然的能力完成会计作业，具有容易疲劳、容易出差错等劣势。但手工会计是训练人才的基本手段。
会计信息系统主要的作用包括：提高记账速度,提供信息数据库,方便查询和快速生成会计报表等.你说的会计信息系统概念比较大,不同的会计系统常常具有特定的功能,来满足不同财务的需求.财务软件初始化就等于是对运用科目的初始化，也就相当于手工帐建账的登记期初余额。
初始化的作用主要是将初始数据录入系统，初始数据分为动态初始数据和静态初始数据静态初始数据包括会计科目、客户、供应商等基础资料动态初始数据包括科目余额（类似于资产负债表），当年发生额（利润表，如果是1月份启用，则不用录入）有了这些数据后，你就可以在继续系统启用后的数据了，初始化的作用跟手工建账是一样的。启用系统的目的在于取代手工作业，提高工作效率。比如手工帐，登账可是一个大活，但对于系统来说分分钟搞定，出具三大报表、查询等这些操作的便利性，手工是远远达不到的
会计信息系统与手工会计操作区别有： 1、运算工具不同 传统手工会计运算工具是算盘或电子计算器等，计算过程每运算一次要重复一次，由于不能存储运算结果，人要边算边记录，工作量大，速度慢。电算化会计的运算工具是电子计算机，数据处理由计算机完成，能自动及时的存储运算结果，人只要输入原始数据便能得到所希望的信息。 2、信息载体不同 传统手工会计所有信息都以纸张为载体，占用空间大，不易保管，查找困难。电算化会计除了必要的会计凭证之外，均可用磁盘、磁带做信息载体，它占用空间小，保管容易，查找方便。 3、帐薄规则不同 传统手工会计规定日记帐、总帐要用订本式帐册，明细帐要用活页式帐册；帐薄记录的错误要用化线法和红字法更正；帐页中的空行、空页要用红线划消。电算化会计不采用传统手工会计中的一套改错方案，凡是登记过帐的数据，不得更改（当然还是要辅以技术控制），即使有错，只能采用输入“更改凭证”加以改正，以留下改动痕迹。对需要打印的帐页的空行、空页可以用手工处理。 4、帐务的处理程序（会计核算形式）不同 传统手工会计处理帐务的程序有4种，但都避免不了重复转抄与计算的根本弱点，伴之而来的是人员与环节的增多和差错的增多。成熟的电算化会计的帐务处理程序用同一模式来处理不同企业的会计业务，成本核算程序以软件固化形式在计算机里，从会计凭证到会计报表的过程都由计算机处理完成后，而任何要求的输出都能得到满足。 5、会计工作组织体制不同 传统手工会计的会计组织工作以会计事物的不同性质作为制定的主要依据；电算化会计组织体制以数据的不同形态做为制定的主要依据。 6、人员结果不同 传统手工会计中的人员均是会计专业人员，其中的权威应是会计师；电算化会计中的人员由会计专业人员、电子计算机软件、硬件及操作人员组成，其中权威应为掌握电算化会计中级的会计师。 7、内部控制不同 传统手工会计对会计凭证的正确性，一般从摘要内容、数量、单价、金额、会计科目等项目来审核；对帐户的正确性一般从三套帐的相互核对来验证；还通过帐证相符、帐帐相符、帐实相符等内部控制方式来保证数据的正确，堵塞漏洞。电算化会计由于帐务处理程序和会计工作组体制的变化，除原始数据的收集、审核、编码由原会计人员进行外，其余的处理都由计算机部门负责。内部控制方式部分被计算机技术替代，由手工控制转为人机控制。
