1、适用范围不同：财务会计以某一企业为主体，预算会计以整个国家预算执行为中心。2、核算的基础不同：预算会计以收付实现制为会计核算基础；企业会计均以权责发生制为会计核算基础。3、会计要素构成不同：预算会计分为五大类，企业会计分
1、适用范围不同。预算会计适用于各级政府财政部门、各级行政单位和各类事业单位，适用对象具有明显的非营利性，所以又称为非营利组织会计。而企业会计适用于以营利为目的的从事生产经营活动的各类企业。
2、会计核算的基础不同。预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础；事业单位会计根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制。企业会计均以权责发生制为会计核算基础。
3、会计要素构成不同。预算会计要素分为五大类：即资产、负债、净资产、收入和支出。企业会计要素分为六大类：即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。即使相同名称的会计要素，其内容在预算会计与企业会计上也存在较大差异。
4、会计等式不同。预算会计的恒等式为：资产十支出＝负债＋净资产十收入。企业会计的恒等式为：资产＝负债十所有者权益。
5、预算会计的核算内容及方法具有特殊性。预算会计中，固定资产一般应与固定基金相对应，固定资产不计提折旧；对外投资一般与投资基金相对应；对专用基金实行专款专用方法；一般不实行成本核算，即使有成本核算，也是内部成本核算；一般没有损益的核算。
核算主体的微观性不同：企业财务会计是以某一企业为主体，核算内容只能是本企业所发生的经济活动，一切与本企业经济活动相联系的、应归属于对方的核算内容，则不应该在本企业进行核算，这也是企业会计主体内在的质的规定。
而预算会计是以整个国家预算执行为中心来组织核算，它既要核算各个非物质生产部门的预算收支情况，也要核算物质生产部门的经济效益和利税上缴情况。
预算会计的核算范围：
单位应当按照部门综合预算管理的要求，对纳入部门预算管理的全部现金收支业务进行预算会计核算。未纳入年初批复的预算但纳入决算报表编制范围的非财政拨款收支，应当进行预算会计核算。
在目前全口径预算管理的要求下，各单位在正常情况下，不应存在未纳入预算管理的收入和支出，因此考虑单位的全部自有收支都应纳入预算会计的核算范围。
代转付资金、周转金、收取或支付的保证金、押金等，虽然发生了现金的流入或流出，但由于该部分资金并不形成单位的收入或支出，因此无需纳入预算会计核算。
