医院内设12个职能科室；14个临床科室；7个医技科室；3个服务中心；11个基层党支部；5个群众性组织。十二个职能科室：院办公室(文档、文秘、内外收发、文印、微机中心控制、接待、基本建设管理)人事科(组织人事、职称评定)退管科（离退休职工管理）财务科(门诊收费、住院收费、会计、档案、稽核、药品会计、医保会计)审计室（审计监督）医务科(医疗业务管理、司法鉴定、医保）科教科 （教学、科研、)护理部（护理业务管理、护理科研教学、培训）感染管理科（医院感染管理）信息科(病案、统计、档案管理、图书、影像、宣传、网络信息管理)门诊部(各科门诊、专科门诊、皮肤科、挂号、导医咨询)体检中心（健康体检）十四个临床科室：内一科(心血管疾病、呼吸系统疾病、CCU病房)内二科(消化系统疾病及内窥镜、内分泌、泌尿内科、血液、血液透析、代谢性疾病)内三科(感染性疾病)内四科(神经内科疾病、老年性疾病)外一科(外伤、胸外、骨科)外二科(普外、肿瘤、烧伤)外三科(泌尿外科、神经外科、男性病、碎石中心)妇产科(妇科、产科、计划生育技术、妇产科门诊)五官科(眼、耳、鼻、 喉)中医科(中医内科、中医外科、中药管理、理疗、高压氧舱)儿 科(康复科、儿科疾病、小儿结核菌素实验及过敏原测定、)急诊科(院前急救、院内急救、ICU病房、门诊输液及留观)麻醉手术科(麻醉与手术管理)口腔科(口腔内科、口腔外科、矫形)七个医技科室:放射科(普通透视、摄片、各种造影检查、放射介入、CT)检验科(云南省临床检验分中心、血库、临床检验)功能科(超声、心脑电图、脑电图、电生理、经颅多普勒)病理科(院内外病理学检查及诊断）医疗设备科（医疗设备购置安装、改造、维修）西药剂科(住院药房、门诊药房、普通制剂、药检、药品仓库)供应室（消毒灭菌、提供无菌物品、一次性用品管理）三个服务中心:紧急医疗救援中心（120急救中心）（院前急救、突发医疗公共卫生应急）后勤服务中心（保卫、车辆管理、物业管理、后勤物资采供等）华旭社区卫生服务中心(社区卫生服务、B超、检验、中西药、门诊、住院)十一个基层党支部:院办党支部、内科一支部、内科二支部、检验党支部、医技党支部、门诊党支部、急诊党支部、外科党支部、妇产科党支部、老干第一党支部、老干第二党支部。五个群众组织:共青团委、工会、妇女委员会、老年人协会、老年体协。
