合并公司的会计处理流程是从被兼并方来说，首要问题便是财产清查。这其中包括了流动资产、固定资产、无形资产和长期投资等。面对盘亏的，需要按照规定进行转销。对尚未处理的潜亏、产成品清查损失和亏损挂帐，在处理后会进行资产评估，然后结束旧账便算处理完毕。从兼并方来说，可以采用有偿方式兼并或者无偿划转方式兼并，可根据实际情况选择。企业兼并后，被兼并企业丧失法人资格，按兼并方企业的会计制度进行核算。如果被兼并企业仍保留法人资格，按其适用的行业会计制度进行核算。根据法律形式，企业合并分为吸收合并、创立合并和控股合并。吸收合并和创立合并的结果是只留下一个单一的经济实体和法律实体，其处理合并业务所应用的会计方法，都属于会计的传统领域。控股合并是一家公司通过长期投资取得另一家公司的控制股权，被投资公司成为子公司，投资公司成为母公司，需要编制合并会计报表。在购买法下，如果企业合并中形成母子公司关系，母公司便应当编制购买日的合并资产负债表。其中包括的被购买方各项可辨认资产、负债及其或有负债应当以公允价值列示。母公司的合并成本与取得的子公司可辨认净资产公允价值份额的差额，可确认为商誉或者作为当期损益列示。
合并会计报表简称合并报表，亦称合并财务报表，指用以综合反映以产权纽带关系而构成的企业集团某一期间或地点整体财务状况、经营成果和资金流转情况的会计报表。主要包括合并资产负债表、合并损益表（或称合并利润表）、合并利润分配表、合并现金流量表（或称合并利润表）、合并利润分配表、合并现金流量表（或财务状况变动表）。一、合并会计报表实务操作中注意的问题1、在判断母公司对被投资企业是否具有实质控制权时，除了新准则中所规定的情形外，股权关系不是判断合并的先决条件，不必设最低持股比例，应重视控制的判断条件而非持股比例。2、对于母公司持股比例超过50%，但认为对其不具有控制权的被投资单位，为避免操纵，应纳入合并范围。3、母公司虽然对其子公司持有50%以上权益性资本，但已将此子公司委托给其他企业经营管理，或者由其他企业承包，这类子公司是否应纳入合并范围?应分情况具体处理：(1)委托方的处理应具体情况具体分析，要考虑的因素有委托性质、控制与否、期限长短、获利方式、风险报酬是否转移等。不符合控制条件的不合并，否则应当合并。(2)受托方的处理：考虑控制与获利方式。有股权的应当合并，无股权的则无需合并;同时考虑风险报酬的转移。4、当母公司将对子公司的控制权委托给管理层行使或者放弃行使控制权时，是否可以认为母公司丧失了对子公司的控制权?分情况处理：已丧失控制权的，无法控制子公司的财务与经营决策;未丧失控制权的，委托或放弃不等于无力行使。5、当存在多层控股结构时，该结构中的所有母公司都必须编制合并会计报表。二、对企业财务状况的影响：1、新准则中合并范围以控制为基准，势必将对合并会计报表产生较大影响。原会计制度规定对不重要的子公司(如相关比例小于10%)可以不纳入合并范围;特殊业务的子公司，如金融业，可以不纳入合并范围。但新准则规定应纳入合并范围，这样将增加合并报表的资产和权益，收入和利润，对企业财务状况、经营成果和现金流量具有较大的影响。2、新准则对合并会计报表的质量和精确度提出了更高的要求，要求更深层次的剥去关联交易对合并报表带来的影响，进一步降低企业财务风险，同时也会增加企业的财务成本。母子公司、各子公司之间交易频繁，特别是制造业和商品流通企业，往来业务很多。按照新准则规定子公司所采用的会计政策与母公司不一致的，应当按照母公司的会计政策对子公司的财务报表进行调整;或者要求子公司按照母公司的会计政策另行编制财务报表。同时取消了当子公司与母公司所规定的会计政策差异不大，并且对财务状况和经营成果的影响不大时，可直接利用子公司会计报表编制合并会计报表的规定，在加上特殊行业等，只要在控制范围内也应并入合并范围的规定，鉴于目前不少集团公司内部涉及多行业的情况，合并会计报表进一步增加。3、新的合并财务报表准则所依据的基本合并理论已发生变化，从侧重母公司理论转为侧重实体理论。合并报表范围的确定更关注实质性控制，母公司对所有能控制的子公司均需纳入合并范围，而不一定考虑股权比例。所有者权益为负数的子公司，只要是持续经营的，也应纳入合并范围。这一变革，将对上市公司合并报表利润产生较大影响。新准则使得母公司必须承担所有者权益为负公司的债务，并会使一些隐藏的或有债务显现，与此同时，新准则也可以防止一些通过关联交易调节利润的手段。
合并会计报表编制除了要符合一般会计报表的编制原则以外还应当遵循以下原则和要求： （1）以个别会计报表为基础编制。 （2）一体性原则。 （3）重要性原则。
我国企业合并的会计处理方法有两种：1.权益联营法权益联营法，即视企业合并为参与合并的双方，通过股权的交换形成的所有者权益的联合，而非资产的交易，而且合并后，股东在新企业中的股权相对不变。2.购买法购买法，即将企业合并视为购买企业以一定的价款购进被并企业的机器设备、存货等资产项目，同时承担该企业的所有负债的行为，从而按合并时的公允价值计量被并企业的净资产扩展阅读：《企业会计准则》规定，同一控制下企业合并采用权益结合法，非同一控制下企业合并采用购买法。（一）同一控制下企业合并采用权益结合法权益结合法，即对被合并方的资产、负债按照原账面价值确认，不按公允价值进行调整，不形成商誉，合并对价与合并中取得的净资产份额的差额调整权益项目。在权益结合法下，将企业合并看成是一种企业股权结合而不是购买交易。参与合并的各方均按其净资产的账面价值合并，合并后，各合并主体的权益不能因企业合并而增加或减少。1、合并成本的确认。合并方在企业合并中取得的资产和负债，应当按照合并日在被合并方的账面价值计量。合并方取得的净资产账面价值与支付的合并对价账面价值（或发行股份面值总额）的差额，应当调整资本公积；资本公积不足冲减的，调整留存收益。2、合并费用的处理。合并方为进行合并所发生的各项相关费用，包括为进行企业合并而支付审计费用、评估费用、法律服务费用等，应当于发生时计入当期损益；为企业合并发行的债券或承担其他债务支付的手续费、佣金等，应当计入所发行债券及其他债务的初始计量金额；企业合并中发行权益性证券发生的手续费、佣金等费用，应当抵减权益性证券溢价收入，溢价收入不足冲减的，冲减留存收益。3、合并方合并财务报表的编制。合并中形成母子公司关系的，母公司应当编制合并日的合并资产负债表、合并利润表及合并现金流量表。合并资产负债表中被合并方的资产、负债，应按其账面价值进行计量；合并利润表应当包括参与合并各方自合并当期期初至合并日所发生的收入、费用和利润，被合并方在合并前实现的净利润应单列项目反映；合并的现金流量表应当包括参与合并各方自合并当期期初至合并日的现金流量。（二）非同一控制下企业合并采用购买法一个企业购买另外一个企业的交易，按照购买法进行核算，按照公允价值确认所取得的资产和负债。购买法视合并行为为购买行为，注重合并完成日资产、负债的实际价值。1、合并成本的确定。合并成本以购买方所付出的资产、发生或承担的负债及发行的权益性证券的公允价值计量。具体如下：①通过一次交换交易实现的企业合并，合并成本为购买方在购买日为取得对被购买方的控制权而付出的资产、发生或承担的负债以及发行的权益性证券的公允价值。②通过多次交易分步实现的企业合并，合并成本为购买方已经持有的被购买方股本在购买日（或交易日）的公允价值以及购买日支付其他对价的公允价值之和。在合并合同或协议中对可能影响合并成本的未来事项作出约定的，购买日如果估计未来事项很可能发生并且对合并成本的影响能够可靠计量的，购买方应当将其计入合并成本。2、合并差额的处理。合并差额分三种情况分别采取不同的方法进行处理。①购买方原已持有的对被购买方的投资，在购买日的公允价值与其账面价值的差额，以及因企业合并所放弃的资产、发生或承担的负债及发行的权益性证券的公允价值与其账面价值的差额，计入当期损益；②在购买日，购买方对合并成本大于合并中取得的被购买方可辨认净资产公允价值份额的差额，确认为商誉；③在购买日，购买方对合并成本小于合并中取得的被购买方可辨认净资产公允价值份额的差额，应先对取得的被购买方的各项可辨认资产、负债及或有负债的公允价值以及合并成本的计量进行复核，经复核后合并成本仍小于合并中取得的被购买方可辨认净资产公允价值份额，其差额应当计入当期损益。3、合并费用处理。购买方为进行企业合并发生的各项直接费用，应当计入企业合并成本。发行权益性证券的发行费用应当冲减所发行的权益性证券的溢价收入，无溢价或溢价不足以冲减的部分，冲减留存收益。4、购买方合并财务报表的编制。企业合并中形成母子公司关系的，母公司应当编制购买日的合并资产负债表，其中包括的因企业合并取得的被购买方各项可辨认资产、负债及或有负债应当以公允价值列示。母公司的合并成本与取得的子公司可辨认净资产公允价值份额的差额，可确认为商誉或者作为当期损益列示。
