应该说软件企业会计科目与一般企业的科目大同小异，根据经营项目进行设制收入和支出科目，在记账时进行分类登记就可以了。软件开发收入，软件开发成本，软件开发研制费用，经营费用，销售费用，应收款和应付款，低值易耗品，待摊费用等。明细根据需要制定。
根据企业规模大小，选用《企业会计制度》或《小企业会计制度》。
会计准则是规范企业会计核算行为的，会计制度也是规范企业会计核算行为的，即两者的功用是一致的。其次，建立和完善会计准则体系的目的，在于确保企业依次进行会计核算能够提供真实和完整的会计信息，为广大会计信息使用者服务。建立和完善会计核算体系的目的也是如此。从这点上讲，两者的目的和出发点也是一致的。再者，在我国，会计准则和会计制度均属于行政法规，对企业的会计核算行为具有约束作用。鉴于会计准则与会计制度这种交叉互补关系，应该尽量使之协调统一，要力避制造准则与制度之间新的矛盾。而且它们可以结合起来运用。新会计准则在科目设置、收入确认等方面均有调整，可以问一下你的财务软件是否使用的就是新科目和新准则。
会计科目设置只要不违反国家会计准则、制度、规范的，主要还是要结合企业管理的实际需要设置科目，你说的税的处理问题那只是税收处理，可以和会计处理有差别，做所得税汇算清缴的时候只要把该交的税交了，会计处理税务不管。就这个问题，个人建议：1、要单独设立技术开发费这个科目，以便加计扣除。2、增值税返还不属于不征税收入的范围内，因此要缴纳企业所得税的，但在增值税的科目设置上可以在应交税金中设立二级科目税金返还，但要做为企业所得税的征税收入，年终调增应纳税所得额。3、为了方便企业管理，专项技术建议设立二级专项会计科目。
