你的问题好混乱啊,不过感觉思路很清晰.分公司和子公司是否独立核算或者独立申报纳税,是和行业有很大关系的.对于银行\资源开采等行业,分公司和子公司都要独立核算和独立申报纳税的.如果是贸易公司.分公司是不需要独立核算的(和你有能力是否独立核算无关),更不会独立申报纳税,也无法退税.子公司是要独立核算的,可以独立申报纳税,也能享受退税的.
核算方式是填写纳税人的财务会计核算方式。独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。独立核算单位的特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第15条、19条的规定，企业和企业在外地设立的分支机构属于从事生产经营的纳税人，按照法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿。如果分公司属于独立核算的纳税人，应当独立建账核算；如果分公司不属于独立核算的纳税人，财务并入总公司统一核算管理，是否要建立有关辅助帐、明细帐，可由总公司确定。
子公司与分公司的区别主要是质上的区别，即子公司具有独立法人资格，而分公司只是总公司的分支机构，不具有法人资格。在财务上，如分公司采用独立核算的方式，则与子公司的核算一样，若分公司在财务上不是独立核算，而是由总公司统一核算、纳税，则与子公司的财务核算是有区别的。
