注册会计师审计程序包括三个阶段，分别是第一阶段的计划阶段，第二阶段的实施阶段，第三阶段的完成阶段，具体为：1、计划阶段，计划阶段的内容包括初步评价被审计单位的内部控制系统；分析审计风险；编制审计计划。2、实施阶段，实施阶段的内容包括进驻被审计单位；进一步检查和评价内部控制系统；审查会计报表及其所反映的经济活动；收集审计证据。3、完成阶段，完成阶段的内容包括全面评估错报风险，整理、评价审计证据；复核审计工作底稿；形成审计结论，出具审计报告。
审计流程是指审计人员在具体的审计过程中采取的行动和步骤。合理地计划审计工作对于注册会计师顺利完成审计工作和控制审计风险具有非常重要的意义。审计工作流程分为接受业务委托、计划审计工作、识别和评估重大错报风险、应对重大错报风险、编制审计报告五个步骤，具体如下：1、接受业务委托：审计人员一旦决定接受业务委托，注册会计师应当与客户就审计约定条款达成一致意见。对于连续审计，注册会计师应当根据具体情况确定是否需要修改业务约定条款，以及是否需要提醒客户注意现有的业务约定书。2、计划审计工作：审计人员在执行具体审计程序之前，都必须根据具体情况制定科学、合理的计划，使审计业务得以有效的方式执行。3、识别和评估重大错报风险：审计人员必须实施风险评估程序，以此作为评估财务报表层次和认定层次重大错报风险的基础。所谓风险评估程序，是指注册会计师实施的了解被审计单位及其环境并识别和评估财务报表重大错报风险的程序。4、应对重大错报风险：审计人员实施风险评估程序本身并不足以为发表审计意见提供充分、适当的审计证据，还应当实施进一步审计程序，包括实施控制测试和实质性程序，以将审计风险降至可接受的低水平。5、编制审计报告：审计人员在完成进一步审计程序后，还应当按照有关审计准则的规定做好审计完成阶段的工作，并根据所获取的审计证据，合理运用执业判断，形成适当的审计意见并出具相关的审计报告。
1、接受业务委托
2、计划审计工作
3、实施风险评估程序
4、实施控制测试和实质性程序
5、完成审计工作和编制审计报告。
注册会计师审计过程的内容如下：接受业务委托、计划审计工作、实施风险评估程序、实施控制测试和实质性程序、完成审计工作和编制审计报告，以上五个阶段是对注册会计师审计过程的内容总体概括。
审计过程大致可分为以下几个阶段
1、接受业务委托：
会计师事务所应当按照执业准则的规定，谨慎决策是否接受或保持某客户关系和具体审计业务。
2、计划审计工作：
计划审计工作十分重要，计划不周不仅会导致盲目实施审计程序，无法获得充分、适当的审计证据以将审计风险降至可接受的低水平，影响审计目标的实现，而且还会浪费有限的审计资源，增加不必要的审计成本，影响审计工作的效率。
3、实施风险评估程序：
审计准则规定，注册会计师必须实施风险评估程序，以此作为评估财务报表层次和认定层次重大错报风险的基础。
4、实施控制测试和实质性程序：
注册会计师实施风险评估程序本身并不足以为发表审计意见提供充分、适当的审计证据，注册会计师还应当实施进一步审计程序，包括实施控制测试 (必要时或决定测试时)和实质性程序。
5、完成审计工作和编制审计报告：
注册会计师在完成财务报表所有循环的进一步审计程序后，还应当按照有关审计准则的规定做好审计完成阶段的工作，并根据所获取的各种证据，合理运用专业判断，形成适当的审计意见。
