注册会计师审计程序包括三个阶段，分别是第一阶段的计划阶段，第二阶段的实施阶段，第三阶段的完成阶段，具体为：1、计划阶段，计划阶段的内容包括初步评价被审计单位的内部控制系统；分析审计风险；编制审计计划。2、实施阶段，实施阶段的内容包括进驻被审计单位；进一步检查和评价内部控制系统；审查会计报表及其所反映的经济活动；收集审计证据。3、完成阶段，完成阶段的内容包括全面评估错报风险，整理、评价审计证据；复核审计工作底稿；形成审计结论，出具审计报告。
注册会计师收集审计证据时可以采用的审计程序有检查、观察、询问、函证、重新计算、重新执行、分析程序。
审计证据是审计人员表示审计意见和作出审计结论所必须具备的依据。在审计活动结束时，审计人员要对被审计单位的经济活动是否合法、合规、合理，其会计资料及其他资料是否真实、正确，依照一定的审计标准发表审计意见和作出审计结论。为了保证审计意见和结论的稳妥可靠，审计人员必须获取足够的证据。
审计程序是一种详细指令，用来指导注册会计师在审计过程中的某个时间，对将要获取的某类审计证据如何进行收集。
详细信息：
一、检查
检查是指注册会计师对被审计单位内部或外部生成的，以纸质、电子或其他介质形式存在的记录和文件进行审查，或对资产实物进行审查。
二、观察
观察是指注册会计师查看相关人员正在从事的活动或实施的程序。
三、询问
询问是指注册会计师以书面或口头方式，向被审计单位内部或外部的知情人员获取财务信息和非财务信息，并对答复进行评价的过程。
四、函证
函证是指注册会计师直接从第三方（被询问者）获取书面答复以作为审计证据的过程。书面答复可以采用纸质、电子或其他介质等形式。
五、重新计算
重新计算是指注册会计师对记录或文件中的数据计算的准确性进行核对，可以通过手工方式或电子方式进行。
六、重新执行
重新执行是指注册会计师独立执行原本作为被审计单位内部控制组成部分的程序或控制。
七、分析程序
分析程序是指注册会计师通过研究不同财务数据之间以及财务数据与非财务数据之间的内在关系，对财务信息作出评价。
这七种审计程序是注册会计师的七种武器，用于获得真实可靠的审计证据。
注册会计师审计程序主要包括以下几个阶段：1、计划阶段，包括初步评价被审计单位的内部控制系统、分析审计风险和编制审计计划。2、实施阶段，包括进驻被审计单位、进一步检查和评价内部控制系统（包括风险评估、控制测试和实质性程序）、审查会计报表及其所反映的经济活动和收集审计证据。其中，风险评估是必要程序，实质性程序在每次会计报表审计中都必须执行。3、完成阶段，包括全面评估错报风险，整理、评价审计证据，复核审计工作底稿，归纳总结形成审计结论，最后出具审计报告。审计程序指注册会计师从接受客户委托业务开始至对会计报表出具审计报告为止所经过的审计工作步骤。
