生产免税药品的原材料的运费进项不能抵扣。
修订后的《中华人民共和国增值税暂行条例》：
第十条下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（一）用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；（四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。
用于免税项目的原材料需要进项税额转出，计入生产成本中。
领用原材料用于免税药物生产，领用的原材料所涉及的进项税额必须转出。因为免税项目不缴纳增值税，为生产免税项目产品所耗费的购进货物或应税劳务已抵扣的进项税额，必须从当期进项税额中扣除。
生产设备领用原材料不需要做进项税额转出的。税法规定，只有用于不动产在建工程的进项税按税法不予抵扣，已抵扣的要做进项税转出处理。
